शिवरायांच्या स्वराज्य स्थापनेत शाहजी राजांचा काडी इतकाही संबंध नव्हता हा बरयाच इतिहास कारांचा आवडता सिद्धांत आहे.
परंतु नरहर कुरुंदकर यांच्या मते,
"शाहजी कर्नाटकात एक स्वतंत्र्य राज्य जन्माला घालीत होता.इकडे महाराष्ट्रातही राज्य जन्माला घालीत होता,तो स्वतःला राजा म्हनवीत होता,दरबार भरवीत होता,समकालीन विजापुर दरबाराने हे ओळखून १६४८ साली शाहजी गिरफ्तार केला,इकडे विजापुरकरांचा पराभव शिवाजीने केला,याचे गोडवे आपण गातो.तिकडे संभाजीनेही विजापुरकरांचा कड़वा प्रतिकार करून पराभव केला हे आपण विसरतो, दोन्हीकडील तयारया,शिस्त शाहजीच्या आहेत,बंगलूरला संभाजी आणि पुण्याला शिवाजी यांच्या सर्व वागणूकीमध्ये योज्नाबद्ध्ता आणि एकसारखेपणा दिसतो,त्याचे कारन मागे शाह्जींची पार्श्वभूमी व त्यांच्या तालमीत तयार झालेले सरदार,कारभारी हे आहेत.पुणे जहागिरीत शिवाजीच्या निर्णयाच्या विरुद्ध शाहजीकड़े अपील करण्याची पद्धत होती,शिवाजीचा हुकुम कोणताही असो,अंमल अमुक प्रकार द्यावा,असा निर्णय जिजाबाई देई,तोच पाळला जाई,हां प्रकार १६५३ पर्यंत दिसतो,व शाह्जीने दिलेला शेवटचा हुकुम १६५५च आहे,१६५५ पर्यंत बहुतेक महत्वाच्या प्रकरणी शाह्जींचा निर्णय अंतीम मानला जाई ह्या अनुमानास पुरावा आहे,शाहजीविरुद्ध विजापुरकरांकडे दाद मागण्याची प्रथा पुणे जहागिरीत नव्हती,या अनुमानालाही आधार आहे,१६५५ नंतर मुलकी कारभारात तर जिजाबाईच १६७४ पर्यंत महत्वपूर्ण काम करत होती.शाह्जीस बाजी घोरपडे याने दगा देवून कैद केले,हा दंश जिजाबाई शेवटपर्यंत विसरली नाही,घोरपड़ेंचा सूड घ्यावा,हा तिचा मनोदय तिने पत्राद्वारे शिवाजीला कळविला आहे,जिजाबईला शाह्जीचा अपमान किती झोंबत होता,याचा हा पुरावा जिजाबाईचे मन समजून घेताना महत्वाचा आहे,
इतिहासतज्ञ वा.सी.बेद्रे यांच्या मते शाहजीराजांच्या आदेशानुसार शिवाजीने हिंदवी स्वराज्य स्थापनेची सुरवात केली.
सेतु माधवराव पगडी शाहजीराजांकडून शिवरायांना स्वराज्यस्थापनेची प्रेरणा मिळाली या गोष्टीला आधार नसल्याचे म्हणतात,पण त्याच बरोबर शाहजी राजांनी मोगलांशी दिलेल्या एकहाती झुंजिचा परिणाम शिवाजी महाराजांवर झाल्याचे नमूद करतात,
सप्टेबर १६३३ मध्ये त्यांनी मुर्तुजा नावाच्या दहा वर्षाच्या मुलाला निजामशाहीच्या गादीवर बसवून संपूर्ण राज्य कारभाराची सूत्र स्वतःच्या हाती घेतली होती व नोव्हेबर १६३६ पर्यंत ते स्वतंत्र्य राज्यकारभार पाहत होते,शाहजीराजे बंगलोरला स्वतंत्र्य दरबार भरवित असत,त्यांच्या पदरी अनेक विषयातील विद्वान असल्याचे जयराम पिंडे याने सांगितले आहे
